Vědecko-výzkumná činnost je ve FN Motol pevně zakotvena a prolíná všemi lékařskými obory, provozovanými v této nemocnici. Vědecko-výzkumné projekty využívají potenciálu a šíře oborů pokrytých pracovišti této nemocnice a jsou dále prohlubovány spoluprací s pracovišti univerzitními, zvláštně 2.LF UK, s pracovišti Akademie věd a s řadou dalších národních i mezinárodních institucí.
FN Motol aktivně pracuje na zabezpečení této činnosti a aktivně se zapojuje do získávání národních i mezinárodních grantových projektů, výzkumných záměrů, pokračující institucionální podpory i dalších forem podpory vědy a výzkumu.